夏军的警告很快就起到了作用，大部分居民不愿意成为夏军的刀下亡魂，连忙放下武器，从各自的藏匿点跑出来，向街道上的夏军投降。
只有少数人还坚持抵抗，他们认为夏军这是在诱骗他们主动自投罗网，再将手无寸铁的他们杀死，因此他们拒绝了投降的勒令，继续与夏军作斗争，对于这部分顽固份子，夏军毫不留情地展开了严酷的镇压行动。
他们逐个房屋逐个房屋的进行排查，甚至收买主动投降的居民作为带路党，将目光中所有拿着武器的本地人全部格杀。
一时间，城内到处枪声大作，其中还掺杂着不时响起的手榴弹的爆炸声和人临死前的惨叫哀嚎，夏军只用了不到一天的时间，就将城内的反抗势力肃清殆尽。
而在城市中心，威严庄重的总督官邸和殖民地议会建筑也被夏军占领，几名线列步兵在战友们的欢呼声中登上楼顶，将那飘扬的荷兰国旗与东印度公司旗摘下扔到楼下，合力将夏军龙旗高高立起，插在荷兰国旗原本的位置上。
荷兰国旗与东印度公司旗帜缓缓落下，最终落在了通向官邸大门的阶梯之上，士兵们没有理会这面象征着战败国的旗帜，他们随意将旗帜踩在脚下，任凭污秽沾染在旗面上。
海山马车夫在南洋的荣耀就此终结，虽然荷兰人还占据着马六甲与斯里兰卡，但他们已经无力回天。
夏军全面入驻巴达维亚城后，才开始对城北的巴达维亚城堡展开围攻，夏军直接将火炮运入城内，架设在街道上对准城墙展开炮轰，同时在城外的火炮也一同开炮，夏军高层并没有能够马上将城堡拿下的信心，只不过是试探性的攻城，想要看看守军的防守力度。
而事实证明，大名鼎鼎的棱堡的确易守难攻，尽管守军人数稀少，又士气低落，仍然能够在夏军的攻城下守住城堡，而夏军的几次试探性攻城都没能讨到好处——他们在用云梯试图攀爬城墙时，都会遭到来自多个方向的守军的射击，即便是试图砸开城门的攻城槌也同样如此。
在付出了数十条人命后，安楚杰和刘洋两位旅帅直接下达了撤退的命令，他们看着那样式奇特的西式城堡，光是看着就知道城堡不好攻打，两人合计了一番，便决定采取长期围困的方法，等待城内的守军弹尽粮绝主动投降，或是等待城堡内出现什么事情能够给他们可乘之机。
做出了这个决定后，夏军将居住在城堡周围的居民全部迁走，对城堡施行全面封锁，而在同时，夏军也开始恢复巴达维亚城的秩序，在城内设立统治。
他们重新统计了城内的居民人口数量，经过为期三天的统计，巴达维亚城内除了逃往城堡的居民外，还有五千五百六十八人，其中汉人人口从原本的占39%变成了如今的59%，在这场战争中，只有汉人没有出现大量的伤亡，而马代客人、欧洲人、欧亚混血与土人的伤亡较多，偌大的城市如今有数道街区空无一人。
既然城内人口锐减，夏军便决定将城外的汉人迁入城内定居，他们取消了荷印政府对汉人在城内定居的限制令，允许汉人随意在城内外定居，同时委任汉人中德高望重的人以及曾经担任过华人官员的汉人作为巴达维亚城的新一批官僚，辅助夏军治理巴达维亚城。
夏军并没有如谣传中进行屠城的举动也让其他族群的居民安心不少，他们见汉人已经重新开始正常的生活后，也都大着胆子走上街道采购必备的生活用品，这些最先上街的居民没有遭到刁难，在他们回家后，更多人也都跟着上了街。
一时间，巴达维亚城的秩序和正常生活恢复了很多，夏军除了在城北靠近城堡的区域设置军事禁区外，其他地方都和战前没有改变，居民们很快就适应了现在的生活。
夏军对内稳固在巴达维亚城的统治
对外也开始与同在爪哇岛上的其他土着王国进行交流。
此时的爪哇岛上除了夏军占据的巴达维亚城外，还同时存在着另外五个王国，分别为巴达维亚城西边的万丹苏丹国，巴达维亚城堡正是因为与该国的战争而修建的，东边还有井里汶苏丹国、马塔兰苏丹国、布兰邦岸王国与巴厘酋长国，这些国家深受***教影响，又经常与荷兰人打交道，但火器普及率还是不高。
在夏军攻克巴达维亚城后，最靠近巴达维亚的万丹苏丹国最先得到消息，苏丹一番深思熟虑过后，认为不应该与夏朝开战，最先派出使者前往巴达维亚，向夏军表达出和平共处的意愿。
而夏军在没有受到朝廷的旨意前，都没有主动与邻国开战的想法，两位夏军旅帅便欣然接受了万丹苏丹的好意，不过他们也提出了条件，要求万丹苏丹派出使团携带贡品前往江宁城朝贡。
爪哇岛上的其他几个国家也同样接收到了这样的要求，夏军在取代荷兰人的战争中的突出表现让爪哇岛上的土着们都感到忌惮，他们为了避免被夏军找到开战的由头，便纷纷派出使团，携带国内的特产和黄金前往巴达维亚城，在夏军的护送下踏上前往江宁城的道路。
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